تا اينكه رخت سفر بر بسته و به سوى « مشهد امام كاظم عليه السّلام » و شهر « بغداد » هجرت نموده ، و طىّ اقامت در آنجا پس از استخاره و مشورت با حضرت حقّ سبحانه با « زهرا خاتون » دختر « ناصر بن مهدى وزير » پيوند ازدواج برقرار مىكرده ، و حدود پانزده سال در زمان حكومت عبّاسيان در بغداد اقامت مىگزيند . وى در طول اين مدّت مورد احترام و تعظيم رجال حكومتى آن دوران بوده ، و عهده‌دار شدن مناصب سياسى از نقابت طالبين و سفارت در نزد حاكم مغول گرفته تا حتّى سپردن وزارت به وى پيشنهاد شد ، ولى به ثمر ننشست . مؤلف در اواخر عهد حكومت « مستنصر » - متوفّى به سال 640 ه ق - و يا اندكى بعد از وفات وى در سال 641 ه ق به حلّه بازگشت و مدّت زمانى در آنجا اقامت نمود ، ولى دل بىقرار او آرام نگرفت ، و دوباره در سال 645 به نجف اشرف رهسپار گرديد ، و به صورت متناوب سه سال در آنجا ، و سه سال ديگر در « كربلاى معلّى » ، و سه سال ديگر در « كاظمين » اقامت نمود ، و سرانجام در سال 652 عزم سفر به سوى « سامرّاء » و اقامت سه ساله در آنجا را داشت ، ليكن هنگام عبور از بغداد ، باز به مصلحت وقت كه مقارن با حملهء مغول بود ، در دار الخلافة بغداد اقامت گزيد ، و هنگام سقوط بغداد به دست مغولان ، يعنى 18 محرّم الحرام سال 656 ه ق - در بغداد بوده است . جريان فتواى او به عنوان يك مسأله جالب تاريخى - سياسى معروف است ، زيرا هنگامى كه هولاگو بغداد را فتح كرد ، دانشمندان را در مستنصريّه گرد آورد ، و از آنان در بارهء اين مسأله كه : « سلطان كافر عادل افضل است ، يا سلطان مسلمان ستمگر ؟ » استفتا نمود ، پس از سكوت همه ، سيّد قدس سرّه مبادرت به پاسخ نمود و از روى تقيّه و حفظ جان مسلمين نگاشت : « كافر عادل از مسلمان جائر افضل است » و ديگران نيز به پيروى از وى فتواى او را تأييد كردند . تاريخ زندگى وى گوياى آن است كه در دهم صفر الخير سال 656 ، هلاگو وى را به حضور مىطلبد و به او امان مىدهد و سيّد قدس سرّه دوباره به حلّه مراجعت مىنمايد ، و سرانجام قلم قضاى الهى چنين رقم مىزند كه آن بزرگوار در نهم محرّم الحرام سال